Μόλις μια διαφοροποίηση έχουν οι όμιλοι της Δ΄ Εθνικής για την σαιζόν 2012-2013. Αφορά την μετακίνηση της ομάδας της ΕΠΣ Φωκίδας από τον 5ο όμιλο στον 4ο, ο οποίος αποτελείται από τον Αίολο (ΕΠΣ Ευρυτανίας), τον Δωτιέα Αγιάς, τον Αμπελωνιακό, τον Πυργετό, την Ελασσόνα (ΕΠΣ Λάρισας), τον Ρήγα Φεραίο (ΕΠΣ Θεσσαλίας), τον Ανδρούτσο Γραβιάς (ΕΠΣ Φωκίδας), την Λαμία, τον Αχιλλέα Δομοκού(ΕΠΣ Φθιώτιδας), τον Α.Ο. Καρδίτσας και το Λεοντάρι (ΕΠΣ Καρδίτσας). Συνολικά 11 ομάδες και 22 αγωνιστικές (Με ρεπό).
Όλοι οι όμιλοι περιέχουν από 10 έως 13 ομάδες, ενώ όλες οι ομάδες του 4ου ομίλου δήλωσαν συμμετοχή.
Αναλυτικά οι 10 όμιλοι:
1ος όμιλος (12 ομάδες): Έβρος Σουφλίου (Έβρου), ΠΑΟ Κόσμιου (Θράκης), Ορφέας Ελευθερούπολης, Αρης Ακροποτάμου, Καβάλα, Βυζάντιο Κοκκινοχώματος (Καβάλας), Προσοτσάνη, Δόξα Πετρούσας (Δράμας), Μ. Αλέξ. Νέας Ηράκλειας, Οδυσσέας Αναγέννησης, Μ. Αλέξ. Νέας Ζίχνης, Ολυμπιακός Ροδόπολης (Σερρών)
2ος όμιλος (10 ομάδες): Αγροτικός Αστέρας, Καμπανιακός, Αχιλλέας Τριανδρίας, Ηρακλής
Αμπελοκήπων, Εθνικός Μαλγάρων (Μακεδονίας), Διγενής Λακκώματος (Χαλκιδικής), Κιλκισιακός, Δόξα Χέρσου, Εθνικός Αγιονερίου, ΠΑΟΚ Κρηστώνης (Κιλκίς)
3ος όμιλος (11 ομάδες): Νάουσα, Αλεξάνδρεια, Λευκάδια, Ένωση Αποστόλου Παύλου (Ημαθίας), Κοζάνη, Μακεδονικός (Κοζάνης), ΑΜΕΣ Αχιλλέας (Πιερίας), Κάστορας, Παναργειακός Ορεστικού (Καστοριάς), Πυρσός Γρεβενών, Γρεβενά Αεράτα (Γρεβενών)
4ος όμιλος (11 ομάδες): Ελασσόνα, Πυργετός, Αμπελωνιακός, Δωτιέας Αγιάς (Λάρισας), ΑΟ Καρδίτσα, ΑΕ Λεονταρίου (Καρδίτσας), Αίολος (Ευρυτανίας), Ρήγας Φεραίος (Θεσσαλίας), Αγρότης Λιανοκλαδίου/Λαμία, Αχιλλέας Δομοκού (Φθιώτιδας), ΑΟ Ανδρούτσος Γραβιάς (Φωκίδας)
5ος όμιλος (12 ομάδες): Όλυμπος Κέρκυρας, Αναγέννηση Περιβολίου (Κέρκυρας), Νέα Σελεύκεια (Θεσπρωτίας), Οδυσσέας Νυδρίου, Εθνικός Φιλιππιάδας, Κεραυνός Θεσπρωτικού (Πρεβέζης-Λευκάδας), Φιλοθέη, Αετός Διασέλλου (Άρτας), ΑΕ Μεσολογγίου, Αρης Αιτωλικού (Αιτωλοακαρνανίας), Τρίκαλα, Μετέωρα (Τρικάλων)
6ος όμιλος (10 ομάδες): Διαγόρας Βραχνέικων, Ατρόμητος Λάππα, Αχαϊκή, Εθνικός Σαγέικων (Αχαΐας), ΠΦΟ Πανόπουλου, Δόξα Νέας Μανολάδας (Ηλείας), Πάμισος, Εράνη Φιλιατρών, Εθνικός Μελιγαλά (Μεσσηνίας), Παναρκαδικός (Αρκαδίας)
7ος όμιλος (11 ομάδες): Παναργειακός, Ένωση Ερμιονίδος, Πανναυπλιακός, Πορτοχελιακός (Αργολίδας), Πέλοπας Κιάτου (Κορινθίας), ΑΟ Χαλκίδας, ΑΟ Λουκισίων, Ευβοϊκός Αγίου Νικολάου (Εύβοιας), Παρνασσός Αράχωβας (Βοιωτίας), Μανδραϊκός, Πανελευσινιακός (ΕΠΣΔΑ)
8ος όμιλος (11 ομάδες): Κηφισιά, Αιγάλεω, Αγιαξ Ταύρου, Περιστέρι, Νέα Ιωνία, Τράχωνες, Ηλυσιακός, ΠΑΟ Ρουφ, Ιάσων, Πεύκη (Αθηνών), Αιολικός (Λέσβου)
9ος όμιλος (12 ομάδες): Ατρόμητος Πειραιά, Κερατσίνι, Ιωνικός, Περαμαϊκός (Πειραιά),
Τριγλία Ραφήνας, Ολυμπιακός Λαυρίου, Αστέρας Βάρης, Νικολακάκης (ΕΠΣΑΝΑ), Πανναξιακός, Άνω Μερά (Κυκλάδων), Διαγόρας, ΑΟ Δικαίου (Δωδεκανήσου)
10ος όμιλος (10 ομάδες): Ατσαλένιος, Ηρόδοτος, Γιούχτας, ΠΑΟ Κρουσώνα, Πατούχας, ΑΕ Κατσαμπά (Ηρακλείου), Αναγέννηση Ιεράπετρας, ΟΦ Ιεράπετρας (Λασιθίου), Κισσαμικός (Χανίων), Ερμής Ζωνιανών (Ρεθύμνου)
1ος όμιλος (12 ομάδες): Έβρος Σουφλίου (Έβρου), ΠΑΟ Κόσμιου (Θράκης), Ορφέας Ελευθερούπολης, Αρης Ακροποτάμου, Καβάλα, Βυζάντιο Κοκκινοχώματος (Καβάλας), Προσοτσάνη, Δόξα Πετρούσας (Δράμας), Μ. Αλέξ. Νέας Ηράκλειας, Οδυσσέας Αναγέννησης, Μ. Αλέξ. Νέας Ζίχνης, Ολυμπιακός Ροδόπολης (Σερρών)
2ος όμιλος (10 ομάδες): Αγροτικός Αστέρας, Καμπανιακός, Αχιλλέας Τριανδρίας, Ηρακλής
Αμπελοκήπων, Εθνικός Μαλγάρων (Μακεδονίας), Διγενής Λακκώματος (Χαλκιδικής), Κιλκισιακός, Δόξα Χέρσου, Εθνικός Αγιονερίου, ΠΑΟΚ Κρηστώνης (Κιλκίς)
3ος όμιλος (11 ομάδες): Νάουσα, Αλεξάνδρεια, Λευκάδια, Ένωση Αποστόλου Παύλου (Ημαθίας), Κοζάνη, Μακεδονικός (Κοζάνης), ΑΜΕΣ Αχιλλέας (Πιερίας), Κάστορας, Παναργειακός Ορεστικού (Καστοριάς), Πυρσός Γρεβενών, Γρεβενά Αεράτα (Γρεβενών)
4ος όμιλος (11 ομάδες): Ελασσόνα, Πυργετός, Αμπελωνιακός, Δωτιέας Αγιάς (Λάρισας), ΑΟ Καρδίτσα, ΑΕ Λεονταρίου (Καρδίτσας), Αίολος (Ευρυτανίας), Ρήγας Φεραίος (Θεσσαλίας), Αγρότης Λιανοκλαδίου/Λαμία, Αχιλλέας Δομοκού (Φθιώτιδας), ΑΟ Ανδρούτσος Γραβιάς (Φωκίδας)
5ος όμιλος (12 ομάδες): Όλυμπος Κέρκυρας, Αναγέννηση Περιβολίου (Κέρκυρας), Νέα Σελεύκεια (Θεσπρωτίας), Οδυσσέας Νυδρίου, Εθνικός Φιλιππιάδας, Κεραυνός Θεσπρωτικού (Πρεβέζης-Λευκάδας), Φιλοθέη, Αετός Διασέλλου (Άρτας), ΑΕ Μεσολογγίου, Αρης Αιτωλικού (Αιτωλοακαρνανίας), Τρίκαλα, Μετέωρα (Τρικάλων)
6ος όμιλος (10 ομάδες): Διαγόρας Βραχνέικων, Ατρόμητος Λάππα, Αχαϊκή, Εθνικός Σαγέικων (Αχαΐας), ΠΦΟ Πανόπουλου, Δόξα Νέας Μανολάδας (Ηλείας), Πάμισος, Εράνη Φιλιατρών, Εθνικός Μελιγαλά (Μεσσηνίας), Παναρκαδικός (Αρκαδίας)
7ος όμιλος (11 ομάδες): Παναργειακός, Ένωση Ερμιονίδος, Πανναυπλιακός, Πορτοχελιακός (Αργολίδας), Πέλοπας Κιάτου (Κορινθίας), ΑΟ Χαλκίδας, ΑΟ Λουκισίων, Ευβοϊκός Αγίου Νικολάου (Εύβοιας), Παρνασσός Αράχωβας (Βοιωτίας), Μανδραϊκός, Πανελευσινιακός (ΕΠΣΔΑ)
8ος όμιλος (11 ομάδες): Κηφισιά, Αιγάλεω, Αγιαξ Ταύρου, Περιστέρι, Νέα Ιωνία, Τράχωνες, Ηλυσιακός, ΠΑΟ Ρουφ, Ιάσων, Πεύκη (Αθηνών), Αιολικός (Λέσβου)
9ος όμιλος (12 ομάδες): Ατρόμητος Πειραιά, Κερατσίνι, Ιωνικός, Περαμαϊκός (Πειραιά),
Τριγλία Ραφήνας, Ολυμπιακός Λαυρίου, Αστέρας Βάρης, Νικολακάκης (ΕΠΣΑΝΑ), Πανναξιακός, Άνω Μερά (Κυκλάδων), Διαγόρας, ΑΟ Δικαίου (Δωδεκανήσου)
10ος όμιλος (10 ομάδες): Ατσαλένιος, Ηρόδοτος, Γιούχτας, ΠΑΟ Κρουσώνα, Πατούχας, ΑΕ Κατσαμπά (Ηρακλείου), Αναγέννηση Ιεράπετρας, ΟΦ Ιεράπετρας (Λασιθίου), Κισσαμικός (Χανίων), Ερμής Ζωνιανών (Ρεθύμνου)
16 ομάδες δεν υπέβαλαν δήλωση
Οι δεκαέξι ομάδες, οι οποίες δεν απέστειλαν τη δήλωση συμμετοχής είναι ανά όμιλο οι ακόλουθες
1ος όμιλος: Ένωση Άνθειας/Αρίστεινου (Έβρου), Αστέρας Μαγικού (Ξάνθης)
2ος όμιλος: Μ. Αλέξανδρος Ν. Μυλοτόπου, Αετός Σκύδρας (Πέλλας), Νέα Καλλικράτεια, Αετός Βαρβάρας
(Χαλκιδικής)
3ος όμιλος: Κτηνοτροφικός Αστέρας Καλληράχης (Γρεβενών), Ελλάς Άνω Καλλινίκης (Φλώρινας)
5ος όμιλος: ΠΑΟ Κρύας (Ηπείρου)
6ος όμιλος: Θύελλα Αμπελοκήπων (Ζακύνθου), Διλινάτα (Κεφαλληνίας-Ιθάκης), Μολαϊκός (Λακωνίας)
8ος όμιλος: Όλυμπος Αγιάσου (Λέσβου), Ατρόμητος Αγ. Γεωργίου (Χίου)
9ος όμιλος: Πανσαμιακός (Σάμου), Άρης Αμφιάλης (Πειραιά)
1ος όμιλος: Ένωση Άνθειας/Αρίστεινου (Έβρου), Αστέρας Μαγικού (Ξάνθης)
2ος όμιλος: Μ. Αλέξανδρος Ν. Μυλοτόπου, Αετός Σκύδρας (Πέλλας), Νέα Καλλικράτεια, Αετός Βαρβάρας
(Χαλκιδικής)
3ος όμιλος: Κτηνοτροφικός Αστέρας Καλληράχης (Γρεβενών), Ελλάς Άνω Καλλινίκης (Φλώρινας)
5ος όμιλος: ΠΑΟ Κρύας (Ηπείρου)
6ος όμιλος: Θύελλα Αμπελοκήπων (Ζακύνθου), Διλινάτα (Κεφαλληνίας-Ιθάκης), Μολαϊκός (Λακωνίας)
8ος όμιλος: Όλυμπος Αγιάσου (Λέσβου), Ατρόμητος Αγ. Γεωργίου (Χίου)
9ος όμιλος: Πανσαμιακός (Σάμου), Άρης Αμφιάλης (Πειραιά)
