Παρότι ξεκίνησε να αγωνίζεται μόλις το 2014 ο Άτλας είναι μαζί με τον Φάρο Χαλκίδας και τον Άρη Χαλκίδας οι τρεις πολυνίκεις πρωταθλήτριες ομάδες της Γ΄ ΕΣΚΑΣΕ, σύμφωνα με το εξαιρετικό αφιέρωμα του stereabasket.gr. Ο Γυμναστικός κέρδισε τον τίτλο το 2015, επικρατώντας στον τελικό του Αγίου Κωνσταντίνου των Οινοφύτων και το 2019, καταβάλλοντας στον τελικό των Λιβανατών τη Δόξα Διρφύων/Μεσσαπίων.
Αναλυτικά όλοι οι πρωταθλητές της Γ΄ ΕΣΚΑΣΕ
1994-1995: Ορχομενός
1995-1996: Αστέρας Αλιβερίου
1996-1997: Καμένα Βούρλα
1997-1998: Φιλαθλητικός Λαμίας
1998-1999: Φάρος Χαλκίδας
1999-2000: Α.Ο. Κύμης
2000-2001: Γ.Ε. Θηβών
2001-2002: Λοκρός Αταλάντης
2002-2003: ΑΣΕ Μπούκαλη
2003-2004: Α.Ε. Καρύστου
2004-2005: Δίστομο
2005-2006: Κένταυρος Λιβαδειάς
2006-2007: Άρης Χαλκίδας
2007-2008: Οινόφυτα
2008-2009: Έσπερος Λαμίας
2009-2010: Διόνυσος Αμφίκλειας
2010-2011: Μούτα Δομοκού
2011-2012: Φάρος Χαλκίδας
2012-2013: Άρης Χαλκίδας
2013-2014: Γ.Ε. Αλέξανδρος
2014-2015: Γ.Σ. Άτλας
2015-2016: Άρης Αμφίκλειας
2016-2017: XBA
2017-2018: Αλίαρτος
2018-2019: Γ.Σ. Άτλας
2009-2020 (Δεν ολοκηρώθηκε)
