Υπήρξε μέλος του ΑΠΟΚ στην Δ΄ Εθνική, καθώς ήταν φοιτητής στο ΤΕΙ Δασοπονίας Καρπενησίου. Ο λόγος για τον Γιάννη Παπαθανασίου, με τον 29χρονο μεσοαμυντικό να αγωνίζεται για αρκετά χρόνια στην ομάδα του χωριού του, τον Κιθαιρώνα Καπαρελίου (Α΄ ΕΠΣ Βοιωτίας).
Ο Παπαθανασίου την σαιζόν 2002-2003 αντιμετώπισε τον ΑΠΟΚ στα πλαίσια της Δ΄ Εθνικής ως παίχτης του Κιθαιρώνα, ενώ φόρεσε την φανέλα της Καρπενησιώτικης ομάδας δυο σαιζόν(2004-2005, 2006-2007), συνεργαζόμενος με τον Γιάννη Φλωράκη και για λίγο διάστημα με τον Δημήτρη Σαλαπάτα. Πανηγύρισε μάλιστα το 2007 την σωτηρία του Βελουχίου ως βασικότατο στέλεχος. Ο Βοιωτός ποδοσφαιριστής φόρεσε συνολικά την φανέλα των Ευρυτάνων 51 φορές στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα και πέτυχε 1 γκολ στο 3-1 επί της Φαρκαδόνας τον Χειμώνα του 2007. Το Καπαρέλι φέτος αποτελεί τον ρυθμιστή σε κορυφή και ουρά του Βοιωτικού πρωταθλήματος.
