Εκτός της ΕΠΣ Ευρυτανίας, άλλες 12 ενώσεις δεν θα έχουν εκπροσώπηση στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα της ερχόμενης περιόδου 2012-13. Η συρρίκνωση των ομάδων της Δ΄ Εθνικής, οδήγησαν αρκετούς νομούς στην ποδοσφαιρική αφάνεια.
Οι 13 που μένουν εκτός Δ΄ εθνικής είναι οι ακόλουθες ΕΠΣ : Αρκαδίας, Βοιωτίας, Ευρυτανίας, Ζακύνθου, Ηπείρου, Θεσπρωτίας, Κεφαλονιάς-Ιθάκης, Λακωνίας, Ρεθύμνου, Σάμου, Φλώρινας, Φωκίδας και Χίου.
